چرا دادگاه روحانیون از دادگاه مردم جدا است؟ آیا این نشانه آن نیست که روحانیت برای خود جایگاه ویژه‌ای قائل است؟

ایجاد دادگاههای ویژه اختصاص به روحانیت نداشته و دادگاه ویژه نظامیان، قضات، خانواده و اطفال نیز در دستگاه قضایی پیش بینی شده است. اگر در نظر گرفتن دادگاه ویژه برای روحانیت برای آنها مزیتی شمرده ‌شود، باید به سایر دادگاه‌های ویژه و تخصصی نیز اشکال کرد.

فلسفه تشکیل دادگاه ویژه روحانیت و رسیدگی به مسائل روحانیون به طور جداگانه آن است که بازتاب تخلفات روحانیون در سطح عمومی جامعه، موجب کاهش اعتماد عمومی مردم به روحانیت شده و تضعیف باورهای دینی را در برخی افراد به دنبال دارد. به منظور حفظ شأن روحانیون و جلوگیری از پیامدهای منفی، دادگاه ویژه روحانیت در نظر گرفته شده است.

با وجود سلامت اکثریت قریب به اتفاق روحانیت، عملکرد و رفتار شمار اندکی از آنان نباید موجب سلب اعتماد مردم به روحانیت و تخریب باورهای دینی در میان جامعه شود، از این رو دادگاه ویژه روحانیت در نظر گرفته شده و این به معنای جدا بودن روحانیت از مردم نیست و روحانیت متعهد همواره با مردم و در کنار آنان بوده و هست.

از سوی دیگر تخصصی شدن دادگاه روحانیون نه تنها برخلاف عدالت نبوده، بلکه برای اجرای بهتر عدالت قضایی است و رسیدگی به مسائل روحانیت را قاضی ای بر عهده می‌گیرد که با صنف روحانیت و تخصص ایشان آشنایی لازم را دارد.

از این رو حضرت امام دستور تشکیل دادگاه ویژه روحانیت را دادند و پس از رحلت ایشان، مقام معظم رهبري دستور تدوین آیین نامه و ضوابط و مقررات این دادگاه را دادند و در این راستا «آيين نامه دادسراها و دادگاه‌هاي ويژه روحانيت» مشتمل بر 47 ماده  تدوين شد كه در 15 مرداد 1369ش، به تصويب رسيد.